Ultimate Spider-Man é um side-scroller, dividido em sete "edições", cada uma contendo três capítulos.
O jogo permite aos jogadores controlar o Homem-Aranha e o Venom.
Esta versão apresenta apenas três chefes além dos dois protagonistas: Shocker, Silver Sable e Carnage (tecnicamente, existem apenas dois chefes, já que Shocker aparece apenas brevemente e você nunca luta com ele). Ao contrário dos jogos de console, PC ou Nintendo DS
, esta versão apresenta um suprimento limitado de fluido de teia do Homem-Aranha, ele pode ser recarregado apenas pegando marcadores especiais espalhados pelos níveis ou derrubados por inimigos.
Além disso, os jogadores podem optar por coletar power-ups ocultos para obter mais capacidade fluida da teia ou obter novos movimentos e habilidades para o Homem-Aranha e Venom.